こちらもご確認ください⇒おかしいと思ったら
本ツールの場合、アップロードするファイル数が多いので、FFFTPやFilezillaなどの無料FTPソフトの場合、アップロードしたと思っても実はアップロードできていない場合が多くあります。複数回上書きしてください。またアップロード中にメッセージを確認してアップロード中にエラーが出ていないか確認しながらアップロードしてください。この現象の原因は、無料FTPの他にXサーバー、ロリポップ、コアサーバーなどでも多発します。
505エラーが出てしまう。
indxe.cgi の属性(パーミッション)を755にしてください。